Namun, ketika semua uang perjalanan sekolah terkumpul hilang secara misterius, kecurigaan teman-teman sekelas jatuh pada dua teman Yuuichi, Shiho Sawaragi dan Makoto Shibe yang saat itu bertugas mengumpulkan uang perjalanan sekolah.
Beberapa hari kemudiah, Yuuichi dan keempat temannya menerima suatu surat misterius yang menipu mereka untuk bertemu.
Mereka pun disekap dan tiba-tiba terbangun dalam suatu ruangan misterius yang mana di sana ada suatu karakter anak-anak kontroversial, Manabu-kun, yang diberhentikan karena menayangkan konten jahat.
Manabu-kun memebri tahu bahwa salah satu diantara mereka secara tidak langsung mendaftarkan mereka berlima dalam permainan ini untuk melunais hutang mereka yang terbilang besar.
Untuk mendapatkan uang pelunasan tersebut, mereka harus memainkan ‘Tomodachi Game’ atau game persahabatan yang akan menguji kekuatan ikatan dan kepercayaan mereka satu sama lain.
Semakin game ini berjalan, persahatan antara Yuuichi dan lainnya semakin goyah, banyak rahasia yang semakin bongkar dan pengkhianatan yang terbongkar.
Permainan yang menguji kekuatan ikatan dan kepercayaan antar sahabat ini akan mengungkap siapa sahabat yang bisa dipercayai dan siapa pelaku sebenarnya dibalik semua kekacauan ini.
Lalu siapa yang sebenarnya sudah mencuri uang perjalanan sekolah itu? Siapa yang mendaftarkan mereka dalam game mematikan ini? Akankan persahabatan Yuuichi dan kawan-kawannya akan terus bertahan selama permainan ini?